La novena temporada de Los Expedientes Secretos X se centra en la lucha de los agentes John Doggett y Monica Reyes por mantener abiertos los "Expedientes X" dentro del FBI, mientras Dana Scully se reincorpora a la academia como instructora. Tras la desaparición de Fox Mulder, la trama profundiza en la conspiración de los "supersoldados" y la protección del hijo de Scully, William. La temporada culmina con el juicio y la huida de Mulder, cerrando la etapa original de la serie.
