La sexta temporada de Los Expedientes Secretos X (1998-1999) marca un cambio significativo: Mulder y Scully son destituidos de la unidad de Expedientes X tras los eventos de la película, siendo reasignados bajo el mando del agente Alvin Kersh. Ambientada principalmente en Los Ángeles, la temporada equilibra la conspiración alienígena con episodios independientes de humor y terror.