La tercera temporada (1995-1996) de Los Expedientes Secretos X profundiza en la conspiración del Sindicato y el encubrimiento de vida extraterrestre tras la abducción de Scully. Con 24 episodios, Mulder y Scully investigan casos paranormales y monstruos, enfrentando enemigos conocidos, el peligro del "petróleo negro" y secretos gubernamentales que ponen en riesgo sus vidas.